Часопис „Materia Medica“ је настао 1985. године у току прославе два века постојања болнице.

Часопис „Materia Medica“ је настао 1985. године у току прославе два века постојања болнице. Био је то наставак постојања дотадашњег Болничког Гласника чији је уредник био Стеван Дунђеровић и који је излазио од средине 70-тих година 20. века.

Часопису „Materia Medica“ је име дао др Радомир Давидовић, а насловна страна је преузета од Гастрохепатолошког архива у плаво-сребрном дизајну који је задржан девет година.

1993. године уредник постаје Т. Дунђеровић, а годину дана раније технички уредник постаје Григорије Станојевић. Промењена је насловна страна и „Materia Medica“ добија у позадини плаву боју са белим грбом болнице у средини. Исте године се формирају и рубрике: стручни радови, прикази случајева и ревијални чланци.

1996. године, ради интернационализације уводи се двојезично издање часописа. 1997. године уредник часописа постаје Велибор Станојевић, традиционалиста који је у графичком домену наставио дело свог оца Григорија. Др Теодор Дунђеровић је предано, вредно са највећом љубављу уређивао часопис до своје смрти 2005. године.

Од 2005. године уредник часописа постаје др сц. мед. Сања Миленковић, научни сарадник која уз екипу ентузијаста, пре свега др Љиљање Вучковић Декић и Проф. др Биљане Путниковић креће да уводи часопис у сферу савременог издаваштва научних публикација. Повећава се број свезака по годишту, и то 2005. године, две свеске и од тада по четири свеске по годишту. Уводе се интернационални и домаћи Уређивачки одбори и часопис се индексира у домаћој бази података „Biomedicina Serbica“.

Од 1. јануара 2011. године „Materia Medica“ прелази на е-Ур: Електронско уређивање часописа, систем за онлајн уређивање и објављивање часописа припремљен у Центру за евалуацију у образовању и науци (ЦЕОН). Изграђен је на темељу платформе Open Journal Systems (OJS), која је као софтвер отвореног кода развијена под окриљем пројекта Public Knowledge Project под лиценцом GNU – General Public License. Сва годишта од 2002. године су имплементирана у систем. (Materia Medica)

Од 2012. године часопис почиње да користи ASEESTANT систем за онлајн уређивање и публиковање часописа. Систем омогућава интеграцију радова у „Систем унакрсног реферисања“ (CrossRef/DOI) и превенцију плагијаризма (CrossCheck). Обухвата и неке ексклузивне аутоматизоване функције намењене контроли квалитета: додељивање кључних речи на основу међународних тезауруса (KWASS), обликовање референци у складу с одабраним цитатним стилом (RefFormatter) и откривање изостављених цитата у тексту рада и у попису референци (CiteMatcher).

Часопис „Materia Medica“ је сврстан у категорију М52 у групи домаћих медицинских часописа за медицинске науке.